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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  42 lines
  1. **********************
  2. * CTF/NF-I signature *
  3. **********************
  4.  
  5. Nuclear factor I (NF-I) or CCAAT box-binding transcription factor  (CTF) [1,2]
  6. (also known  as  TGGCA-binding  proteins)  consists  of a family of vertebrate
  7. nuclear  proteins  which  recognize  and bind,  as dimers, the palindromic DNA
  8. sequence  5'-TGGCANNNTGCCA-3'  present in  viral and cellular promoters and in
  9. the origin  of  DNA  replication  of  Adenovirus  type 2.   These proteins are
  10. individually capable of activating transcription and DNA replication.
  11.  
  12. In a given species  there  are a  large number of different CTF/NF-I proteins.
  13. The  multiplicity of CTF/NF-I is generated both by alternative splicing and by
  14. multiple genes.
  15.  
  16. CTF/NF-1 proteins contains 400 to 600 amino acids.  The N-terminal  200  amino
  17. acids, which is almost perfectly conserved in all species and genes sequenced,
  18. mediates  site-specific DNA recognition,  protein  dimerization,  and  AD2 DNA
  19. replication.   The  C-terminal 100  amino  acids  contain  the transcriptional
  20. activation domain.
  21.  
  22. As a specific  signature  for this  family of proteins we selected a perfectly
  23. conserved highly charged 12 residues peptide located in the N-terminal part of
  24. CTF/NF-I.
  25.  
  26. -Consensus pattern: R-K-R-K-Y-F-K-K-H-E-K-R
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  28. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  29.  
  30. -Expert(s) to contact by email: Mermod N.
  31.                                 nmermod@ulys.unil.ch
  32.                                 Gronostajski R.
  33.                                 gronosr@ccsmtp.ccf.org
  34.  
  35. -Last update: December 1992 / Text revised.
  36.  
  37. [ 1] Mermod N., O'Neill E.A., Kelly T.J., Tjian R.
  38.      Cell 58:741-753(1989).
  39. [ 2] Rupp R.A.W., Kruse U., Multhaup G., Goebel U., Beyreuther K.,
  40.      Sippel A.E.
  41.      Nucleic Acids Res. 18:2607-2616(1990).
  42.